Początek pierwszego tysiąclecia chrześcijaństwa przyniósł dramat, który był niejako odkładany w czasie, ale wcześniej czy później musiał nastąpić i jak zwykle winne temu były ludzkie ambicje i pycha. Prof. Roszkowski pisze iż „Tragedia rozłamu w chrześcijaństwie dojrzewała przez stulecia i jego korzenie tkwiły głęboko w kulturach starożytnych. W Kościele prześladowanym w pierwszych trzech wiekach, konflikty wewnętrzne oraz tarcia doktrynalne udawało się przezwyciężyć przez obronę przesłania Ewangelii i pogłębionej teologii. W Kościele wolnym od represji różnice doktrynalne wybuchały z całą mocą, chociaż ferment pochodził najczęściej ze Wschodu. Tradycja grecka zrosła się z autokratyzmem cesarskim, m. in. z powodu przeniesienia stolicy Imperium do Konstantynopola w 330 r. podczas gdy inwazje barbarzyńskie w IV i V w. zniszczyły cesarstwo zachodnie, co bardzo często stawiało papieży i władców świeckich w konflikcie, ale i zmuszało do sięgania do źródeł wiary i szukania dróg kompromisu. Poczucie solidarności obu skrzydeł Kościoła osłabło, a Konstantynopol coraz częściej rywalizował z Rzymem nie tyle pod względem politycznym, lecz na polu religijnym”.
Pierwszym zwiastunem formalnego rozłamu był rok 867, kiedy posadę patriarchy Konstantynopola objął Focjusz, gdy cesarz usunął dotychczasowego Ignacego I (co wskazuje na nie-suwerenność Kościoła w Bizancjum). Decyzji tej nie uznał papież Mikołaj I i Focjusz zareagował negując prymat biskupa Rzymu, odrzucając kwestionowanie swojej nominacji, a potem wydając encyklikę krytykującą powszechny na Zachodzie dodatek filioque w Credo oznaczający, iż Duch Święty miał pochodzić nie tylko od Ojca ale i od Syna. Ponieważ papież tę postawę skrytykował, Focjusz zwołał Sobór, który ekskomunikował Mikołaja I, lecz w tym samym roku patriarcha został usunięty z urzędu przez cesarza, który przywrócił Ignacego i łączność z Rzymem. Jednak dwa lata po śmierci Ignacego, Focjusz wrócił na posadę i wycofał potępienie papieża. Stan względnego rozejmu trwał ok. 200 lat, gdy doszło do nowych kontrowersji.
Zaczęło się od sporu w kwestii chlebów konsekrowanych (przaśne czy kwaszone), celibatu księży i znów formuły filioque. Ale główną kością niezgody była niechęć biskupów greckich do reformy Kościoła, która była postrzegana jako zagrożenie dla greckiego obrządku w południowej Italii. Odpowiadając na naciski papieża, patriarcha Konstantynopola Michał Cerulariusz nakazał u siebie Kościołom łacińskim przyjąć obrządek grecki. Papież Leon IX po klęsce militarnej państwa papieskiego znalazł się w niewoli, ale zdołał wysłać na początku 1054 r. poselstwo do Konstantynopola, mające na celu wyjaśnienie kwestii rytuału i prymatu w Kościele. Choć legitymacja poselstwa wygasła z powodu śmierci papieża w kwietniu, to jednak jego szef kard. Humbert kontynuował je spotykając się z biskupami obrządku łacińskiego, w reakcji na co ambitny patriarcha Michał nakazał zamknięcie wszystkich kościołów łacińskich. Zezłościło to tak kard. Humberta, iż w lipcu ekskomunikował Michała i jego zwolenników, który odpowiedział zwołaniem Synodu i nałożeniem ekskomuniki na wysłanników papieża.
Faktycznie rzecz biorąc, ani edykt Humberta nie oznaczał potępienia Kościoła wschodniego ani reakcja patriarchy Michała nie oznaczała potępienia nie żyjącego już papieża, lecz oba zdarzenia wywołały proces, którego nie sposób było odwrócić. Osobiste ambicje, pycha i rywalizacja polityczna, a nie różnice w doktrynie spowodowały, że dwa braterskie odłamy chrześcijaństwa coraz bardziej oddalały się od siebie przez wyrządzane sobie nawzajem akty agresji. Dalsze współistnienie Kościoła rzymskiego, określającego się powszechnym i chrześcijan wschodnich którzy nazwali się „prawosławnymi” stawało się coraz bardziej problematyczne. W 1182 r. miała miejsce w Konstantynopolu masakra wiernych rytu rzymskiego i byli jej winni miejscowi Grecy, którzy w morderczym szale zabili nawet chorych jednego ze szpitali, a delegatowi papieża, kard. Janowi odcięto głowę, którą włóczono po ulicach.
Konstantynopol zapłacił za tę zbrodnię straszliwą cenę, bo w czasie IV krucjaty by wyzwolić Jerozolimę od muzułmanów, „krzyżowcy” w kwietniu 1204 r. zdobyli stolicę Bizancjum, łupiąc miasto oraz dokonując na jego mieszkańcach gwałtów, czego Konstantynopol nigdy nie przebaczył. Nie pomogło nawet potępienie przez papieża Innocentego wynaturzeń krucjaty w oficjalnym liście; IV krucjata wykopała między obu Kościołami rów nie do zasypania i wszelkie późniejsze próby pojednania zawiodły. Przypieczętował to upadek Bizancjum pokonanego ostatecznie w maju 1453 r. przez Turków, co było pośrednią konsekwencją rozłamu bo Zachód nie dał spodziewanej pomocy.
Od tej pory prawosławie zaczęło się utożsamiać z Rosją, która jeszcze bardziej uzależniła hierarchię od aktualnej władzy politycznej, pretendującej od tej pory do nazywania się Trzecim Rzymem, co stało się podstawą ideologii imperialnej. Patriarcha Konstantynopola zachował swe tytularne znaczenie, ale ponieważ nie stały za tym ani władza polityczna ani umiejscowienie na jakimś obszarze terytorialnym, był to akt tylko symboliczny i bez większego znaczenia praktycznego.
W połowie XI w. przyszła wreszcie pora by coś zrobić z dwoma problemami gnębiącymi od lat Kościół, tj. kupczeniem urzędami kościelnymi i kłopotami wynikającymi z małżeństw (konkubinatu) duchownych. Koniecznym było oderwanie Kościoła od zasady nadań feudalnych, co uzależniało od władzy politycznej i przekształcało się zwykle w zwyczaj traktowania nadania kościelnego jako własności osobistej, która była dziedziczona przez rodzinę. Do kolejnych papieży powoli przebijała się świadomość, iż reforma tego stanu rzeczy jest konieczna (propagował te klasztor w Cluny) i trzeba było pontyfikatu Leona IX, by zabrać się na poważnie za podniesienia moralnego poziomu duchowieństwa przez walkę z symonią i małżeństwami księży. Istotną rolę odegrał tu Synod w Sutri, który zdecydował o wyborze papieża przez biskupów i odrzuceniu potwierdzenia akceptacji cesarza; dodatkowo Synod zakazał także małżeństw i konkubinatu księży, co było pierwszym faktycznym krokiem ku reformie. Jak można było się spodziewać te decyzje napotkały duży opór części duchowieństwa czy świeckich władców i zaczęły się konflikty zwolenników oraz przeciwników reform. Na szczęście nastał pontyfikat Grzegorza VII…
Nowy papież od 1073 r. wziął się ostro do pracy i zaczął energicznie wprowadzać w życie reformę Kościoła (nazwaną potem gregoriańską) od razu zaznaczając dominację papiestwa nad władzami świeckimi. Dalej orzekł, że Kościół rzymski został założony przez Chrystusa i tylko biskup Rzymu może być nazywany „powszechnym” czyli katolickim. Przyznał papieżowi prawo mianowania i odwoływania biskupów oraz wydawania nowych praw i wyłącznego decydowania w sprawach administracyjnych i duchowych. Na Synodach w 1074 i 1075 r. potwierdził, a nawet zaostrzył dekrety dotyczące zniesienia inwestytury, wprowadzenia celibatu i pozbawienia stanowisk księży żyjących w konkubinacie (opornym zagrożono ekskomuniką), co spowodowało ostre protesty.
Kiedy cesarz Henryk IV zaczął mianować biskupów bez zgody papieża, ten go surowo upomniał, na co cesarz zwołał synod biskupów niemieckich, który w 1076 r. złożył papieża z urzędu. Odpowiedzią Grzegorza VII było ekskomunikowanie biskupów związanych z cesarzem oraz wydanie edyktu zwalniającego jego poddanych od posłuszeństwa, co spowodowało także z powodu kłopotów politycznych, otrzeźwienie Henryka IV i jego ukorzenie się w szatach pokutnych przed papieżem. Błędem papieża było wszak wmieszanie się w walkę polityczną między Henrykiem i jego konkurentem, którego Grzegorz VII poparł i w efekcie oporu biskupów oraz najazdu wojsk cesarza na Rzym, papież skrył się w klasztorze na Monte Cassini, gdzie wkrótce zmarł. Trzy lata później nowy papież Urban II zapowiedział kontynuację i umocnienie reform.
Epizodem, który przyniósł wątpliwe korzyści Kościołowi, była sprawa wypraw krzyżowych, choć na początku wydawało się to chlubną inicjatywą. Po ponad 300 latach od podboju przez islam płn. Afryki i Bliskiego Wschodu, świat chrześcijański uważał to za skandal, który należy odwrócić, szczególnie w przypadku Ziemi Świętej. Na Zachód docierały informacje o prześladowaniu wiernych Chrystusowi przez kalifat, który zburzył świątynię Grobu Pańskiego, więc gdy w 1085 r. pokonano islamskich Maurów okupujących Hiszpanię, kolejny papież Urban II wezwał w 1095 r. do uwolnienia kościołów w Palestynie z rąk islamskich, obiecując uczestnikom krucjaty rozgrzeszenie, a tym którzy by zginęli, tytuł męczenników za wiarę. Apel papieża wywołał szeroki odzew i w 1099 r.
I wyprawa krzyżowa wyzwoliła Jerozolimę i duże obszary Syrii i Palestyny. Jednak 50 lat później muzułmanie odbili większość terenów, lecz bez samej Jerozolimy, bo zdobyli ją dopiero w 1187r. IV krucjata, która przyniosła poza przypieczętowaniem rozłamu z Bizancjum, stanowiła klęskę i dopiero VI krucjata w latach 1248-50 na zaledwie 10 lat uwolniła Jerozolimę z rąk islamskich. Kolejne wyprawy przyniosły tylko niepotrzebną śmierć wielu ich uczestników, zaś dla muzułmanów określenie „krzyżowiec” stało się obelgą używaną wobec chrześcijan.
Jeszcze przed reformą gregoriańską istniały sekty chrześcijańskie krytykujące nadużycia duchowieństwa i nawołujące do pokuty, modlitwy i ucieczki od świata jako dzieła szatana (ruch „bogomilców” w Bułgarii w X w.) ale prawdziwy ich wysyp nastąpił w XII i XIII w. Gdyby tylko ograniczyły się do krytyki bogactwa w Kościele, nie byłoby w tym nic złego, ale większość z nich zeszła na doktrynalne manowce, takie jak np. odrzucenie hierarchicznej struktury Kościoła i sakramentów (chrztu dzieci, pokuty), zakaz budowania świątyń, odrzucenie Starego Testamentu i kultu krzyża. Jednym z bardziej licznych był radykalny ruch antykościelny założony przez Piotra Waldo, który w końcu rozpadł się na kilka gałęzi (jedna z nich głosiła kapłaństwo świeckich, odrzucenie sakramentów). Mimo złożenia przyrzeczenia wierności Kościołowi, gdy Waldo stracił kontrolę nad ruchem, został ekskomunikowany a waldensi uznani za heretyków. Posłużyli jednak za inspirację do powstania bardziej skrajnej sekty katarów („czystych”), zwanych też albigensami, liczącej tysiące członków, nawiązującej do manicheizmu i poglądów dualistycznych (dobry Bóg Nowego Testamentu i Jego zbuntowany syn Satanael, ze Starego). Katarzy nie wierzyli we wcielenie Chrystusa, bo świat materialny uznawali za stworzony przez Satanaela, stąd piętnowali prokreację i zalecali radykalne posty. Sekta została ekskomunikowana jako heretycka w 1199 r. ale istniała nadal w różnych mutacjach.
Powstanie herezji katarskiej wywołało jeszcze jedną reakcję Kościoła, a mianowicie powstanie instytucji, o której od początku krążyły „czarne legendy”, a chodzi tu o Inkwizycję. Otóż ponieważ Kościół nie mógł sobie poradzić z kolejnymi herezjami w 1182r. papież Lucjusz III w porozumieniu z cesarzem Fryderykiem ogłosił metody postępowania z osobami podejrzanymi i rozgraniczeniu kompetencji władz duchownych i świeckich. Po badaniu (inquisito) sąd biskupi miał zdecydować czy podejrzany jest winien herezji i jeśli tak, to władze świeckie miały wymierzyć karę (nie mówiło się o karze śmierci), które z czasem zaostrzano, tym bardziej iż często dochodziło do ludowych samosądów na heretykach. Warto odnotować, iż na dożywotne więzienie skazano śledczego inkwizytora za nadużycia, lecz trzeba przyznać, że spalono na stosie kilkadziesiąt osób, przy czym olbrzymia większość spraw kończyła się mniejszymi karami lub pojednaniem z Kościołem. Ponieważ to władze świeckie wymierzały ostre wyroki, papież Grzegorz IX zaczął mianować własnych inkwizytorów z uprawnieniami sądów świeckich, co spowodowało ograniczenie nadużyć; sądy papieskie wymagały dowodów a nie tylko zeznań, tym niemniej to na ich konto poszły wszelkie wyroki śmierci ferowane przez władze świeckie, skąd narodził się mit kilkudziesięciu tysięcy ofiar Inkwizycji kościelnej, co dopiero po latach zostało obalone jako fałsz.
W dziele odnowy Kościoła, walki z herezjami i innymi problemami gnębiącymi Kościół XIII w. ogromną rolę odegrał Zakon Kaznodziejski, założony przez Dominika Guzmana w 1216r. jako główny cel działania obierając nauczanie prawd wiary, w związku z czym duży nacisk został położony na kształcenie braci.
Energiczne działania Dominika spowodowały szybki rozrost zakonu, tak iż po 5 latach swego istnienia trzeba było założyć 8 prowincji (także w Polsce), w których było 20 klasztorów z 300 braćmi. Kapituła generalna w 1220 r. ustaliła, że główną misją będzie łączenie modlitwy kontemplacyjnej z działalnością duszpasterską oraz nauczaniem na wysokim poziomie. Dominikanie stali się na kilkaset lat strażnikami doktryny wiary będąc jednym z filarów Kościoła, także przy pomocy żeńskiej gałęzi zakonu, tj. powstałych w 1219 r. Dominikanek. Z pewnością inspiracją dla Dominika był powstały trochę wcześniej Zakon Braci Mniejszych, założony w 1209 r. w Asyżu przez Franciszka (który spotkał się z Dominikiem na IV Soborze Laterańskim w 1215 r.) którego kobiecą część założono przez Klarę (stąd siostry Klaryski) w 1212 r. (wokół Franciszka powstała też grupa pokutników, tworząc po latach świecki III Zakon Franciszkański). Dwa lata przed swoją śmiercią w 1226 r. Franciszek otrzymał stygmaty. Trudno sobie wyobrazić ocalenie i odnowę Kościoła bez tych dwóch gigantów życia zakonnego i roli jaką odgrywali przez wieki.
Innego rodzaju tytanem który nie bez przyczyny jest uważany do dziś za jeden z najbardziej inteligentnych umysłów w historii był św. Tomasz z Akwinu zwany często Akwinatą. Ten spokojny, małomówny erudyta, był mistrzem precyzji i logiki, pozostawiając obok dzieła swego życia, czyli „Sumy teologicznej” wiele traktatów dotyczących filozofii starożytności, epistemologii (nauka o poznaniu) i ontologii (nauka o bycie).
Wg niego możliwość poznania tkwiąca w człowieku wynika z jego stworzenia na obraz i podobieństwo Boga, który udziela swemu stworzeniu światła wiedzy. Św. Tomasz wypracował 5 dowodów na istnienie Boga, które były i są podważane na różne sposoby, ale ich wspólny mianownik, czyli Bóg jako Pierwsza Przyczyna jest trwałym fundamentem na rzecz wiary w Jego istnienie. Wizja Boga w rozumieniu Akwinaty ma fundamentalne znaczenie dla teologii chrześcijańskiej, ponieważ w niej Bóg jest pełnią i doskonałością w każdym wymiarze jako byt transcendentny, tj. wykraczający poza świat i całkowicie od niego odmienny. Zdefiniował też Boga jako byt wszechmocny, który może wszystko z wyjątkiem zaprzeczenia swego istnienia i robienia rzeczy sprzecznych z Jego naturą, czyli mocą, prawdą i miłością.
Przyjęło się za „schizmę zachodnią” uważać narodziny protestantyzmu, ale jest to pewne uproszczenie, bo faktycznie po ponad wieku niezależności od władzy świeckiej, na początku XIV wieku nastąpił kryzys papiestwa, które znów pogrążyło się w rozgrywkach politycznych i spowodowany tym rozłam władzy w Kościele tak właśnie nazwano (na szczęście nie dotyczyło to spraw doktryny). Istota tego polegała na tym, że Kościół podzielił się na 2 obozy popierające różnych papieży, z który każdy uważany był za legalnego:
jedni popierali Urbana VI w Rzymie zaś inni Klemensa VII w Awinionie i sytuacja ta trwała od 1378 r. Ta utrata prestiżu papiestwa przełożyła się na skłócenie Kościołów lokalnych, co zostało spotęgowane przez nędzę wynikłą z epidemii dżumy oraz zniszczeń po wojnie angielsko-francuskiej.
Dopiero Sobór w Konstancji w 1414 r. przyniósł rozstrzygnięcie sporu o prymat powołując nowego papieża Marcina V, który przywrócił jedność Kościoła, by w 1430 r. porozumieć się z patriarchami Kościoła bizantyjskiego w sprawie spotkania i zaleczenia dawnych ran. Miało to się odbyć na soborze w Bazylei, który miał przeprowadzić reformę Kościoła, ale niestety papież zmarł przed jego początkiem, zaś nowy Eugeniusz IV spowodował kolejne walki frakcyjne i z zamiaru nic nie wyszło. Wszelkie nadzieje na pojednanie między Rzymem a Konstantynopolem przekreśliło jego zdobycie przez muzułmanów w 1453 r. a niestety był to zwiastun dalszych kłopotów dla chrześcijaństwa w postaci rewolty luterańskiej, i od tego zacznę kolejny odcinek.
